Ислам, возникший в начале VII века на Аравийском полуострове, вскоре распространился на большую часть мира. Исламизация Азербайджана датируется ранними исламскими завоеваниями, начавшимися с 18 года хиджры (639 год). Марзбан Азербайджана Исфандияр ибн Фаррухзад в том году был разбит арабами, в результате заключив мирный договор. Захватываются Ардебиль, Тебриз, Нахчыван, Бейлаган, Барда, Ширван, Мугань и Арран; арабы вдоль Каспийского побережья доходят до Дербента. Укрепления города очаровывают их, и они называют его «Баб эль-Абваб». По сообщению историка Балазури, уже в период правления халифа Али ибн Абу-Талиба (656-661) большинство населения Азербайджана приняло ислам. На севере этот процесс несколько затянулся. На завоеванных территориях арабы облагали местных жителей налогами, заключали мирные договоры, продолжали свои походы, а затем возвращались назад. При отказе населения платить налоги начинались нашествия.

Исламские завоевания во многих местах осуществлялись мирным путем, а в некоторых – силой оружия. На захваченных территориях язычникам предлагалось принять ислам. Те, кто пошел на это, платили закят и получали право участвовать в боях в рядах мусульман. Принимавшим участие в боевых действиях полагалась доля от военных трофеев. Евреи и христиане, не принявшие ислам, платили подушную подать (джизью) и тем самым получали покровительство мусульман. Идолопоклонники, отказавшиеся от принятия ислама, или евреи и христиане, не пожелавшие платить джизью, были вынуждены воевать c мусульманами. В пограничных пунктах – рибатах – жили только мусульмане. Для укрепления этих «точек» в них размещались правоверные, прибывшие из разных областей халифата. Местное население, не принявшее ислам, переселялось в более отдаленные места, называвшиеся «ребед». В мирных договорах, заключенных в тот период такими арабскими полководцами, как Хузейфа ибн аль-Йаман, Утба ибн Фархад, Валид ибн Укба, Салман ибн ар-Рабиа аль-Бахили, Букайр ибн Абдулла, Сурака ибн Амир и Маслама, в качестве основного условия указывалась неприкосновенность жизни, имущества и религии населения.

Высказать мнение о конкретных формах исламизации Азербайджана довольно трудно, так как этот вопрос до сих пор остается неизученным. Во всяком случае, выделим некоторые стадии этого сложного процесса.

Первый этап – период исламских завоеваний – продолжается с середины VII до начала VIII века. Он завершается падением в 705 году Албанского государства и потерей Албанской церковью своей самостоятельности (автокефальности). Как отмечает академик З. Буниятов, в конце этого этапа ислам становится в Азербайджане господствующей религией, которую в первую очередь принимали люди высшего сословия, дабы защитить свои привилегии. Новое вероисповедание распространяется среди купцов и ремесленников, так как арабы предоставляли льготы этим категориям населения. На данном этапе мечети не строились: в них превращались древние храмы и ставшие ненужными в результате исламизации церкви. Кроме того, сохранялись преимущества родоплеменного сознания перед религиозным.

Второй этап охватывает период с начала VIII века и до прихода к власти Буидов в Западном Иране и Ираке. На территории Азербайджана создаются независимые государства Ширваншахов, Мазьядидов и Саджидов. Идолопоклонничество и зороастризм теряют свое значение, иудаизм продолжает существовать, а Албанская церковь восстанавливает самостоятельность. Однако из-за того, что ее влияние ослабевает, религиозные церемонии проводятся на армянском языке, а последователи церкви арменизируются. На данной стадии усиливается осмысление принадлежности к исламу, однако сознание, связанное с этническими корнями, полностью не утрачивается, что можно проследить в движении шуубитов, начавшемся в начальном периоде владычества Аббасидов. Восстание Бабека (816-838) – яркий пример этому. На пограничных пунктах расширяются представления об исламе. В горных районах активизируется крайний шиизм.

Третий этап охватывает период владычества Буидов (935-1055). В Азербайджане начинает распространяться умеренный шиизм, «доходящий» до Дербента. Суннизм ханафитского толка и шиизм имамитского толка становятся ведущими религиозными течениями; суфизм также обретает немало последователей. Одним из прекрасных памятников этого времени является ханега на реке Пирсаат в Ширване.

Четвертый этап связан с периодом Сельджукидов (середина XI – середина XIII веков). В регионе усиливается суннизм, а позиции шиизма ослабевают. Ведущую роль играют последователи шафиитской школы; широкое распространение получают суфийские тарикаты. Азербайджанские Атабеки и Ширваншахи в состоянии защитить ислам от христианского давления.

Пятый период охватывает период монгольских завоеваний (первая половина XIII – вторая половина XV веков). В это время широко распространяется суфизм, а также усиливается хуруфизм. Основоположником последнего был Фезлуллах Наими (ум. 1394). Абульгасан Алийул-ала и поэт Насими (ум. 1417) прославились как самые влиятельные представители хуруфизма. В этот период был знаменит второй шейх суфийского тариката халвитов Сеид Яхья Ширвани Бакуви Халвати (ум. 1464). Один из братьев правителя Аккоюнлу Узун Гасана был последователем шейха халвитов Деде Омара Ровшани (ум. 1487). Ибрагим ибн Мухаммад Гюльшани (ум. 1534) во второй половине XV века заложил основу секты гюльшани как одной из ветвей халвитов. Затем многие суфийские тарикаты, в том числе накшбандия, проникли в Азербайджан, а оттуда – на Северный Кавказ.

Шестой период связан с периодом правления Сефевидов (1501-1786) и с XVI века – Османов (1281-1924). Сефевиды пропагандировали шиизм и в честь 12 имамов носили чалму с 12 красными полосками. Поэтому их называли «гызылбашами». Османы, победившие в битве при Чалдыране Сефевидов, распространяли в Азербайджане суннизм ханафитского толка.

Период после присоединения Азербайджана к Российской империи также может рассматриваться как новый этап исламизации страны. Его самая характерная особенность связана с политикой правительства, стремившегося привлечь на свою сторону мусульманское духовенство и, с целью подчинения их себе, создать в исламской религии структуру, подобную церкви в христианстве. В письме российского царя Сенату от 29 ноября 1832 года было предложено подготовить положение об Управлении по религиозным делам мусульман Закавказья, однако ни один из представленных документов одобрен не был. В 1849 году, по поручению наместника Кавказа князя Воронцова, сотрудник министерства иностранных дел Н. Ханыков разработал проект «Положения об организации Магометанского духовенства». Хотя он в целом и был одобрен, однако Крымская война задержала его реализацию. В 1864 году для продолжения этой работы была создана новая комиссия, в которую вошли представители местных шиитов и суннитов. Составленные инструкции регулировали обязанности, права и привилегии мусульманского духовенства, его взаимоотношения со светской властью. Если до 1867 года зарплату от правительства получали только шейхульислам и муфтий, то с указанного года и другие мусульманские духовные лица высокого ранга начали получать жалованье от властей. «Положение о шиитском и суннитском магометанском духовном Управлении Закавказья» утверждено царём 5 апреля 1872 года по представлению Государственного совета.

При формировании структуры Управления за основу был взят принцип организации русской православной церкви. На Южном Кавказе были созданы два мусульманских административных органа: суннитским духовным управлением (муфтиятом) руководил муфтий, а шиитским – шейхульислам. Каждое из этих учреждений, располагавшихся в Тбилиси, состояло из председателя, трех членов правления, секретаря с двумя помощниками, переводчика, писаря и архивариуса. В подчинении обеих структур в Тбилисской, Иреванской, Елизаветпольской (Гянджинской) и Бакинской губерниях находилось по одному меджлису. В суннитском управлении насчитывалось 16 гази (судей), а в шиитском – 20. Названные образования состояли под контролем Министерства внутренних дел и несли прямую ответственность перед наместником. Духовные лица губернского уровня подчинялись местным властям губерний и уездов.

До образования Азербайджанской Демократической Республики (1918-1920), религиозные дела мусульман Южного Кавказа регулировались этими двумя управлениями. 11 декабря 1918 года шейхульислам Мухаммад Пишнамаззаде подает в отставку. Приказом министра по делам социального обеспечения и религии Мусы Рафибекова на эту должность назначается ахунд Ага Ализаде. В этот период усиливаются тенденции к рационализации и модернизации ислама.

После установления в Азербайджане советской власти, 15 мая 1920 года Министерство по религиозным делам и учреждение шейхульислама распускаются, мусульманские религиозные деятели подвергаются преследованиям, а большинство мечетей закрывается. В 1943 году, с целью использования возможностей религии в борьбе против фашистской Германии, было сочтено целесообразным создание религиозной структуры мусульман Закавказья. 25-28 мая 1944 года в Баку проводится I съезд мусульман Закавказья, создается Духовное управление мусульман Закавказья с центром в столице Азербайджана. Ахунд Ага Ализаде избирается шейхульисламом; он – первый избранный шейхульислам в истории Управления. До него все шейхульисламы назначались государством. Кроме того, с 1944 года на Южном Кавказе ликвидируется дуализм в религиозных организациях. Духовное Управление Мусульман Закавказья становится единым центром и управляется шейхульисламом; муфтий считается первым заместителем председателя Управления и решает религиозные проблемы мусульман-суннитов.

В настоящее время эта структура прошла государственную регистрацию, действует как Управление мусульман Кавказа и считается историческим центром других религиозных общин исламского направления.