После распада СССР Духовное Управление Мусульман Закавказья расширяет круг своей деятельности под руководством шейх уль-ислама Аллахшукюра Пашазаде, избранным на этот пост еще в 1980 году.  После восстановления Азербайджаном государственной независимости, указанная структура, именуемая ныне Управлением Мусульман Кавказа, прилагает все усилия для распространения своего влияния на весь Кавказ. На Х съезде кавказских мусульман, состоявшемся в Баку в 1998 году, УМК предприняло шаги, направленные на реализацию этого стремления. Открытие представительств УМК в Грузии и Дагестане является результатом расширения деятельности данной структуры.

Председатель УМК последовательно налаживает связи Управления с международными исламскими организациями, добивается установления тесных взаимоотношений с мусульманскими странами в религиозной сфере. Сегодня УМК в Азербайджане в рамках своих полномочий руководит общинами исламской направленности, осуществляет надзор за правильным соблюдением канонов шариата, проводит значительные работы в области подготовки религиозных кадров на базе созданного в 1991 году Бакинского исламского университета, несет ответственность за процессы, протекающие в религиозной жизни страны. Помимо этого, с 1992 года Теологический факультет Бакинского Государственного Университета готовит специалистов по богословию и исламоведению.

Отношения между государством и религией в нашей стране регулируются Государственным Комитетом Азербайджанской Республики по Работе с Религиозными Образованиями, созданным Указом Президента Гейдара Алиева в 2001 году.

Еще в начале XX века Азербайджанская Демократическая Республика (1918-1920), являющаяся первым светским государством на мусульманском Востоке, раньше всех провозгласила свободу совести среди всех мусульманских государств на Востоке.

Сегодня эту традицию продолжает независимая Азербайджанская Республика. Высоко оценивая исламские ценности, общенациональный лидер Гейдар Алиев говорил: «Исламская религия всегда благосклонно относилась к другим религиям и никогда не выступала против их догм. Мы с уважением относились к людям любой национальности и религии. Это воля Аллаха и завещание нашего Пророка Мухаммеда (мир ему и благословение).

Моральные и национальные ценности тесно переплетены с Исламом. Эта религия, выходя за пределы национальных границ, имеет международное значение, объединяет разные народности под единым флагом, а также призывает людей к любви и доброте по отношению друг к другу.

Ислам — одна из крупнейших божественных религий в мире. Хотя Азербайджан — светское государство, большинство населения составляют мусульмане. В нашей стране широко распространены исламские религиозные традиции. На протяжении многих веков Азербайджан был одним из главных центров исламской цивилизации. Азербайджанцы также сыграли особую роль в распространении ислама и установлении мусульманского Возрождения и достигли больших успехов в формировании исламской культуры. Все это с самого начала заложило основу для развития материального и нематериального наследия ислама на территории Азербайджана.

В настоящее время число мечетей превысило 2000. Свыше 300 из этих мечетей охраняются как историко-культурные памятники. Один из древнейших мечетей — Шемахинская Джума-мечеть, построенная в 743 году, находится в Азербайджане. Государство проявляет огромную заботу об исламских ценностях, в результате чего были реконструированы и капитально отремонтированы мечети Бибиэйбат, Тазапир, Аждарбек, Шемахинская Джума-Мечеть и комплекс «Имамзаде» в Гяндже. Однако горькая правда заключается в том, что религиозно-духовные памятники нашего народа на оккупированных землях стали жертвами армянского вандализма, подверглись осквернению. Находящееся на территории Армении историческое и культурное наследие Азербайджана постигла та же участь. Стерта с лица земли мечеть Демирбулаг в Ереване, в Голубой мечети же была проведена «реконструкция» с целью изменения оригинальных особенностей. 

Построенная во второй половине XVIII века в Иреване Гара Сеидом мечеть Гаджи Новрузали бека, мечеть Сардара также подверглись систематическим разрушениям и были полностью разрушены в 2014 году. Недавнее завершение строительства мечети, похожей на Шушинскую мечеть в селе Джоджуг Марджанлы, и ознакомление президента Ильхама Алиева с ней стало своего рода предупреждающим посланием армянским агрессорам. Это еще раз показывает, что Азербайджан верен своему историческому прошлому, и настанет день, когда мечеть в Шуше будет восстановлена.

В Баку была построена самая большая молельня на Южном Кавказе — мечеть Гейдара. Именно в мечети Гейдара впервые был совершен совместный шиито-суннитский намаз – намаз единения. В рамках объявленного в 2016 году в Азербайджане «Года мультикультурализма» 15 января впервые в мире все мусульмане, независимо от того, к какому течению Ислама они себя причисляют, собравшись вместе в одно время, в одном месте, совершили намаз, вознесли молитвы Всевышнему. Поклонение Аллаху представителей и шиизма, и суннизма в едином пространстве, в одном ряду является результатом политики толерантности и мультикультурализма, проводимой в нашей стране.

Азербайджан — одна из немногих стран, являющихся членом как европейских, так и исламских организаций. Став членом Организации исламского сотрудничества, ИСЕСКО, а также других влиятельных структур, объединяющих мусульманские страны, Азербайджанская Республика наладила взаимовыгодные отношения с исламским миром, выступила в качестве организатора ряда важных культурных форумов глобального значения. Неслучайно, что Баку в 2009 году был объявлен столицей исламской культуры. В октябре того же года на шестой конференции министров культуры государств-членов ОИС, проведенной в Баку, Нахичевань был объявлен столицей исламской культуры на 2018 год. Состоявшиеся 12-22 мая 2017 года IV Игры исламской солидарности создали благоприятную почву для очередных практических шагов в области укрепления исламской солидарности. Игры исламской солидарности стали торжеством дружбы и братства. Эти соревнования явились своего рода призывом к укреплению мира, благополучия и единства. Их основной лозунг: «Солидарность — наша сила». В мире существуют террористические группировки, финансируемые определенными кругами и прикрывающиеся именем Ислама. Жертвами этого терроризма являются именно мусульманские страны. Религиозный фактор на сегодняшний день используется для сеяния беспорядков, и поэтому есть острая нужда для нахождения путей решения этой проблемы. Для предотвращения столь нежелательных ситуаций необходимо довести до мировой общественности суть и основные цели Ислама, являющегося миролюбивой религией. Указ Президента Ильхама Алиева от 10 января об объявлении 2017 года «Годом исламской солидарности» является гуманной и миролюбивой политикой. Таким образом, наша страна взяла на себя весьма почетную и одновременно ответственную миссию. Это еще раз показывает, что Азербайджан является как современным, так и независимым, приверженным своим и исламским ценностям государством. Как подчеркнул глава государства, это ответ тем, кто сегодня ведет грязную кампанию против исламской религии.