Христианство появилось на территории Азербайджана в Кавказской Албании в первые века новой эры, – еще в период апостолов Иисуса Христа.

После падения Иерусалима ускоряется процесс переселения евреев на Кавказ. Приезжие говорили о чудесах, сотворенных Иисусом; под влиянием подобной пропаганды были созданы первые христианские общины. Это время распространения христианства в Албании называется апостольским (сирофильским) периодом и связано с именами апостолов Варфоломея и Фаддея. Елисей, один из учеников апостола Фаддея, по благословению первого патриарха Иерусалима Иакова прибыл в область Агван. Пропагандируя новую религию, он построил в местечке Киш церковь, которая была возведена раньше первой христианской церкви в Армении. Затем Елисей направился в Чолу (Дербент), после чего перешел реку Самур и продолжал пропаганду христианства. В селении Гельмец он был убит идолопоклонниками и брошен в яму. В последующем, по приказу албанского царя Вачагана III, останки Елисея захоронили в селе Хрюг, а над могилой соорудили небольшую часовню.

В 313 году, когда римский император Константин снял запрет на исповедание христианства, албанский царь Урнайр объявил данное верование государственной религией. С того времени начинается новый период распространения христианства в Азербайджане, называемый грекофильским. Академик З. Буниятов указывает, что Урнайр, Ваче II и Вачаган III вели борьбу за распространение в стране христианства. В IV-V веках формируются духовенство и церковная иерархия. По указанию католикоса, феодалы выделяли на своих территориях специальные места для церквей. В стране строились храмы, а религиозные книги переводились с сирийского, арамейского и греческого языков на албанский. Лекционарий, записанный албанской письменностью и на албанском языке, считается одной из древнейших христианских книг богослужебного назначения.

В 451 году, на Халкидонском соборе, Албания выбирает монофизитство. В V-VI веках на территории страны усиливается борьба между монофизитами и диофизитами. В конце VI – начале VII веков Албанская церковь принимает диофизитство.

Резиденция албанского католикоса поначалу находилась в городе Чога, а в 552 году была перенесена в Барду. После исламских завоеваний, – особенно, после падения Албанского царства, — роль христианства ослабла. В церквях молились на армянском языке, в результате вытеснения албанского языка. В VIII-IX веках, при образовании на территории Азербайджана независимых государств, Албанская церковь вновь обрела статус автокефальной церкви. В X-XI веках восточное христианство смогло в определенной степени сохранить свое влияние в регионе, что продолжалось вплоть до XVIII века. В 1836 году царское правительство по представлению Синода ликвидирует Албанскую церковь, а все ее имущество передается Эчмиадзину. В 80-90-е годы XX века Албанская церковь возрождается в очередной раз. В 2003 году албанско-удинская христианская община проходит государственную регистрацию; это важное событие произошло после восстановления Кишской церкви в Шеки. В настоящее время продолжается реставрация церкви в селении Нидж Габалинского района.

В Азербайджане христианство представлено православным, католическим и протестантским направлениями, а также различными сектантскими группами. Помимо того, государственную регистрацию прошли 5 армяно-григорианских церквей.

Православие начало проникать в Азербайджан с начала XIX века – в рамках «политики переселения», проводившейся в регионе царской Россией. В Баку первая православная церковь приступила к своей деятельности в 1815 году. Во избежание тяжелых последствий раскола, начавшегося в русской православной церкви, начинается высылка христиан-сектантов на Кавказ. В 1834 году первые русские переселенцы заложили в Азербайджане селение Алтыагач в Шемахинском уезде, а в 1838 году – селение Вель в Лянкяранском. В 1842 году они основали селение Борисы-Русские в Елизаветпольской губернии, а в 1844 году – селение Славянка. В 1868 году на территории Бакинской губернии насчитывалось 21 сектантское селение, в которых проживали 13 тысяч сектантов.

Католицизм. В Баку первый римско-католический приход был создан русской армией в 50-е годы XIX века в связи со ссылкой военных католиков на Кавказ. Приход Тетри-Скародаки (Грузия) подчинялся римско-католическому военному приходу. В 1882 году Бакинский приход обретает независимость. В 1895 году строится церковь в честь Непорочного зачатия Святой Марии, а в 1903 году на Бакинском кладбище возводится церковь Святого Креста. В 1909-1912 годах сооружается новая церковь Непорочного зачатия Святой Марии в готическом стиле, считавшаяся одним из красивейших памятников архитектуры Баку. В советский период она была разрушена. В 1999 году в Баку восстанавливается римско-католическая община, а в 2001 году она создает свой молельный дом. В настоящее время для строительства римско-католической церкви выделен земельный участок в Баку.  С 22 по 23 мая 2002 года ныне покойный глава римско-католической церкви Папа Римский Иоанн Павел II находился в Баку с официальным визитом. В октябре 2016 года Папа Франциск, находившийся с визитом в Азербайджане, принял участие в массовой религиозной церемонии в католической церкви в Баку. В ходе визита состоялась встреча Папы Франциска с Президентом Ильхамом Алиевым.

Баптизм. Представители евангелистско-лютеранской церкви появились в Баку еще во второй половине XIX века одновременно с немецкими промышленниками, участвовавшими в эксплуатации нефтяных месторождений. Еще одной причиной их приезда следует считать политические и религиозные беспорядки, происходившие в начале XIX века в Германии. В те времена в стране была распространена суеверная молва, что на Западе якобы приближается конец света, и спасение можно найти лишь на Востоке. Население (особенно религиозные сектанты) переселяясь в Россию и на Кавказ, старалось избежать расчета в судный день. В начале 1819 года в Азербайджане проживало 209 немецких семей. В Баку евангелистско-лютеранская община была образована в 1870 году. В 1899 году ее члены построили в городе свой храм – кирху (нынешний Зал камерной и органной музыки). В Еленендорфе (нынешнем Гейгеле, до 2008 года Ханлар) кирху возвели еще раньше. В 1937 году священнослужители лютеранской церкви вместе с представителями других религиозных общин были сосланы или расстреляны. В 1994 году лютеранская община вновь начала в Баку свою деятельность.