El cristianismo influyó en Azerbaiyán a través de la Albania del Cáucaso en los primeros años de la nueva era en tiempos de los apóstoles de Cristo. La afluencia de judíos al Cáucaso se intensificó tras el derrocamiento de Jerusalén. Los recién llegados contaban los prodigios (milagros) demostrados por Jesús. Las primeras comunidades cristianas se establecieron bajo la influencia de dicha propaganda. La primera etapa de la difusión del cristianismo se llamó el período de los apóstoles relacionados con los apóstoles Varfolomei y Faddey. Uno de los descendientes del apóstol Faddey empezó a difundir la nueva religión por la bendición del primer patriarca de Jerusalén Yegub llegó a la tierra de Agvan y erigió una iglesia en el pueblo de Kish. Esta iglesia fue construida antes de la primera iglesia cristiana de Armenia. Más tarde, Yelisey se trasladó a Chola (Derbend) y pasó el río Samur para propagar la religión. Fue asesinado por uno de los idólatras del pueblo de Helmes y arrojado a un agujero. Más tarde, el cadáver de Yelisey fue sacado del agujero por instrucción del melik albanés Vachagan y enterrado en la aldea de Khug, y se erigió un pequeño templo sobre el agujero.

Cuando el emperador romano Constantino levantó el veto al cristianismo en el año 313, el gobernante albanés Urnayr declaró el cristianismo como religión estatal. A partir de ese momento, surgió en Azerbaiyán una nueva etapa de difusión del cristianismo, denominada período pro griego. El académico Ziya Bunyadov señala que Urnayr, Vache el segundo y Vachagan el tercero lucharon por difundir el cristianismo en el país. El sacerdocio y la jerarquía eclesiástica se formaron en los siglos III y IV. Los señores feudales asignaron zonas particulares para las iglesias en sus tierras por instrucción del Católicos. Se construyeron iglesias en la región y se tradujeron libros religiosos de las lenguas siria, aramea y griega al albanés. El libro «En escritura albanesa y en lengua albanesa» se considera la lectura pública más antigua del mundo del cristianismo.

En 451, en una reunión eclesiástica en Calcedonia, Albania prefirió el monofisitismo. En los siglos V y VI, la lucha entre monofisitas y diofisitas se intensificó dentro del país. A finales del siglo VI y principios del VII, la Iglesia albanesa adoptó el diofisitismo.

La residencia de los católicos albaneses que se encontraba en la ciudad de Gochay se trasladó a Barda en el año 552. Tras la expansión del Islam, especialmente con la caída de los meliks albaneses, el papel del cristianismo en el país se debilitó, el culto en las iglesias se realizaba en lengua armenia y la lengua albanesa fue suprimida. En los siglos VIII-IX, cuando se establecieron estados independientes en el territorio de Azerbaiyán, la Iglesia albanesa recuperó el estatus de iglesia autocéfala. En los siglos X y XI, el cristianismo oriental mantuvo en cierta medida su influencia en la región. Esta situación se mantuvo hasta el siglo XVIII. En 1836, el gobierno zarista disolvió la Iglesia albanesa a propuesta del Sínodo, y todas las propiedades de la iglesia fueron transferidas al Catolicosado de Echmiadzin. La iglesia albanesa volvió a ser restaurada en la década de 1980-1990. La comunidad cristiana albano-udi fue registrada por el gobierno en 2003, tras la restauración de la iglesia de Kish en Sheki. Actualmente se está restaurando la iglesia del pueblo de Nich, en el distrito de Gabala.

El cristianismo está representado por la ortodoxia, el catolicismo, el protestantismo y algunas comunidades sectarias en Azerbaiyán. Se han registrado cinco comunidades armenio-gregorianas en el país.

La ortodoxia se importó a Azerbaiyán en el marco de la política de reasentamiento dirigida por el régimen zarista ruso a principios del siglo XIX. La primera iglesia ortodoxa de Bakú comenzó a funcionar en 1815. Los cristianos sectarios fueron expulsados al Cáucaso para evitar las duras consecuencias de las separaciones que se producían en la Iglesia Ortodoxa Rusa. Los primeros emigrantes rusos crearon la aldea de AltiAghaj en Shamakhi en 1834, la aldea de Vel en Lankaran en 1838, la aldea de Borisi-Russian [Russkie Borisy] de Yelizavetpol en 1842 y la aldea de Slavyanka en 1844. La provincia de Bakú contaba con 21 pueblos sectarios con 13 mil personas en 1868.

La primera parroquia católica romana fue creada en Bakú por el ejército ruso con el reasentamiento de los católicos militares en el Cáucaso en la década de 1850. La parroquia dependía de la parroquia católica romana militar de Tetri-Skaroda (Georgia). La parroquia de Bakú se independizó en 1882. En 1895, se construyó una iglesia en honor a Santa María. Ocho años más tarde, y en 1903, se construyó la Iglesia de la Santa Cruz en el cementerio de Bakú. La nueva iglesia de Santa María, considerada el más bello monumento arquitectónico de Bakú, fue construida en estilo gótico en 1909-1912. Sin embargo, durante el periodo soviético, los bolcheviques demolieron la iglesia en 1934. En 1999, la comunidad católica romana fue restaurada en Bakú, y en 2007, se construyó una nueva iglesia en Bakú en memoria de la iglesia de Santa María.

El ex Papa romano San Juan Pablo II realizó una visita oficial a Bakú los días 22 y 23 de mayo de 2002.

En octubre de 2016, el Papa Francisco, que estaba de viaje en nuestro país, asistió a una ceremonia religiosa masiva en la iglesia católica de Bakú y dio la bienvenida al presidente Ilham Aliyev. Los seguidores de la iglesia luterana (bautismo) llegaron a Bakú junto con industriales alemanes que participaban en el desarrollo de los campos petrolíferos en la segunda mitad del siglo XIX. La visita se debió principalmente a los disturbios políticos y religiosos que se produjeron en Alemania a principios del siglo XIX. En aquella época, se rumoreaba que Occidente se acercaba al Apocalipsis y que sólo Oriente podría salvar a todos. La gente, especialmente los sectarios, trató de huir de las preguntas sobre el Apocalipsis hacia Rusia y el Cáucaso. 209 familias alemanas residían en Azerbaiyán a principios de 1819. La comunidad luterana se estableció en Bakú en 1870. Los miembros de la comunidad construyeron su templo-circa (actualmente la sala de Órgano y Música de Cámara) en Bakú en 1899. La circa había sido construida incluso antes en Yelendorf (actual Khanlar). Los sacerdotes de la iglesia luterana y los representantes de otras comunidades religiosas fueron enviados al exilio y ejecutados a tiros en 1937. La comunidad luterana reanudó su actividad en Bakú en 1944.