Xristianlıq Azərbaycan ərazisinə yeni eranın ilk əsrlərində, hələ İsa Məsihin həvariləri dövründə Qafqaz Albaniyası vasitəsilə nüfuz etmişdir. 70-ci ildə Yerusəlimin (Qüdsün) süqutundan sonra yəhudilərin Qafqaza köçürülməsi güclənmişdir. Gələnlər İsanın göstərdiyi möcüzələrdən danışırdılar. Bu cür təbliğin təsiri altında bölgədə ilk xristian icmaları yaranmışdır. Albaniyada xristianlığın yayılmasında bu dövr həvari (sirofil) dövrü adlanır və həvarilərdən Varfolomey və Faddeyin adları ilə bağlıdır. Həvari Faddeyin şagirdlərindən olan Yelisey Yerusəlimin birinci patriarxı Yəqubun xeyir-duası ilə yeni dini təbliğ edə-edə Aqvan diyarına gəlib çıxmış və Kiş adlı yerdə kilsə tikmişdir. Bu kilsə Ermənistandakı birinci xristian kilsəsindən qabaq tikilmişdir. Sonra Yelisey Çolaya (Dərbəndə) yollanmış, daha sonra isə Samur çayını keçib dinin təbliğini davam etdirmiş, Helmes kəndində bütpərəstlər tərəfindən öldürülərək bir çalaya atılmışdır. Sonralar Alban məliki Vaçaqanın göstərişi ilə Yeliseyin cəsədinin qalıqları Xruq kəndində torpağa tapşırılmış, çalanın üzərində isə kiçik bir məbəd tikilmişdir.

313-cü ildə Roma imperatoru Konstantin xristianlığa etiqad üzərindən qadağanı götürəndə Alban hökmdarı Urnayr xristianlığı dövlət dini elan edir. Bu vaxtdan etibarən Azərbaycanda xristianlığın yayılmasının qrekofil dövrü adlanan yeni dövrü başlanır. Akademik Z.Bünyadov göstərir ki, Urnayr, II Vaçe və III Vaçaqan ölkədə xristianlığı yaymaq üçün mübarizə aparmışlar. IV-V əsrlərdə ruhanilik və kilsə iyerarxiyası təşəkkül tapır. Katolikosun göstərişi ilə feodallar öz ərazilərində kilsə üçün xüsusi yerlər ayırırdılar. Bölgədə kilsələr tikilir, dini kitablar siryani, arami və yunan dillərindən Alban dilinə tərcümə edilirdi. Sinayda aşkar edilmiş “Alban yazısında və Alban dilində” leksionari dünyada xristianlığın ən qədim kütləvi qiraət kitablarından sayılır.

451-ci ildə Xalkidon kilsə toplantısında Albaniya monofizitliyə üstünlük verir. V-VI əsrlərdə ölkə ərazisində monofizitlərlə diofizitlər arasında mübarizə güclənir. VI əsrin sonu-VII əsrin əvvəllərində Alban kilsəsi diofizitliyi qəbul edir.

Alban katolikosunun iqamətgahı Çoqay şəhərində yerləşirdi. 552-ci ildə iqamətgah Bərdəyə köçürülmüşdür. İslam fütuhatlarından, xüsusilə Alban məlikliyinin süqutundan sonra ölkədə xristianlığın rolu zəifləmiş, kilsələrdə ibadət erməni dilində aparılmış, Alban dili sıxışdırılıb çıxarılmışdır. VIII-IX əsrlərdə Azərbaycan ərazisində müstəqil dövlətlər yarananda Alban kilsəsi yenidən avtokefal kilsə statusunu bərpa etmişdir. X-XI əsrlərdə bölgədə şərq xristianlığı nüfuzunu müəyyən dərəcədə qoruyub saxlaya bilmişdir. Bu durum XVIII əsrə kimi beləcə davam etmişdir. 1836-cı ildə çar hökuməti Sinodun təqdimatı ilə Alban kilsəsini ləğv edir, kilsənin bütün əmlakı Eçmiədzin katolikosluğuna verilir. XX əsrin 80-90-cı illərində Alban kilsəsi bir daha bərpa olunur. 2003-cü ildə Alban-Udi xristian icması dövlət qeydiyyatından keçir. Bu, Şəkidəki Kiş kilsəsinin bərpasından sonra olmuşdur. Hazırda Qəbələ rayonunun Nic kəndindəki kilsənin də bərpası davam etdirilir.

Azərbaycanda xristianlıq özünün pravoslavlıq, katoliklik və protestantlıq qolları, habelə müxtəlif sektant icmaları ilə təmsil olunmuşdur. Dövlət qeydiyyatında 5 erməni-qriqorian icması vardır.

Pravoslavlıq. PravoslavlıqAzərbaycana XIX əsrin əvvəllərindən etibarən rus çarizminin bölgədə yeritdiyi “köçürmə siyasəti” çərçivəsində nüfuz etməyə başlamışdır. Bakıda ilk pravoslav kilsəsi 1815-ci ildə fəaliyyətə başlamışdır. Rus pravoslav kilsəsində baş verən parçalanmanın ağır nəticələrindən sığortalanmaq üçün sektant xristianların Qafqaza sürgünü başlanır. Azərbaycanda ilk rus köçkünləri 1834-cü ildə Şamaxı qəzasında Altıağac kəndini, 1838-ci ildə Lənkəran qəzasında Vel kəndini, 1842-ci ildə Yelizavetpol quberniyasında Rus Borisi kəndini, 1844-cü ildə isə Slavyanka kəndlərini salırlar. 1868-ci ildə Bakı quberniyasının ərazisində 21 sektant kəndi var idi ki, burada 13 min sektant yaşayırdı.

Katolisizm. Bakıda ilk Roma-katolik prixodu XIX əsrin 50-ci illərində rus ordusu tərəfindən hərbçi katoliklərin Qafqaza sürgün edilməsi ilə əlaqədar olaraq yaradılmışdır. Prixod Tetri-Skarodakı (Gürcüstan) Roma-katolik hərbi prixoduna tabe idi. 1882-ci ildə Bakı prixodu müstəqilləşir. 1895-ci ildə Müqəddəs Məryəmin Bakirə Hamiləliyi şərəfinə kilsə, 1903-cü ildə isə Bakı qəbiristanlığında Müqəddəs Xaç kilsəsi tikilir. 1909-1912-ci illərdə Bakının gözəl memarlıq abidələrindən sayılan yeni Müqəddəs Məryəmin Bakirə Hamiləliyi kilsəsi qotik üslubda inşa edilir. Lakin Sovet dövründə, 1934-cü ildə kilsə bolşeviklər tərəfindən dağıdılmışdır. 1999-cu ildə Bakıda Roma-katolik icması yenidən bərpa olunur və 2007-ci ildə  Müqəddəs Məryəm kilsəsinin xatirəsinə yeni kilsə tikilərək istifadəyə verilmişdir.

22-23 may 2002-ci ildə Roma-katolik kilsəsinin sabiq başçısı Papa İoann II Pavel Bakıda rəsmi səfərdə olmuşdur.

2016-cı ilin oktyabrında ölkəmizdə səfərdə olan Roma Papası Fransisk Bakıdakı Katolik Kilsəsində messa-dini mərasimdə iştirak etmiş və Prezident İlham Əliyev tərəfindən qəbul edilmişdir.

Baptizm. İncilçi-lüteran kilsəsinin ardıcılları Bakıya hələ XIX əsrin ikinci yarısında neft yataqlarının istismarında iştirak edən alman sənayeçiləri sırasında gəlmişdilər. Onların gəlişinin bir səbəbi də XIX əsrin əvvəllərində Almaniyada baş vermiş siyasi və dini iğtişaşlar sayılmalıdır. O vaxt ölkədə belə bir mövhumi şaiyə yayılmışdı ki, Qərbdə qiyamət günü yaxınlaşır, nicat ancaq Şərqdədir. Əhali, xüsusilə sektant dindarlar Rusiyaya və Qafqaza köçməklə qiyamət gününün sorğu-sualından yaxa qurtarmağa çalışırdılar. 1819-cu ilin əvvəlində Azərbaycanda 209 alman ailəsi vardı. Bakıda İncilçi-lüteran icması 1870-ci ildə yaradılmışdır. 1899-cu ildə icmanın üzvləri şəhərdə öz məbədlərini — kirxanı (indiki Kamera və orqan musiqisi zalı) tikmişdilər. Yelenendorfda (indiki Xanlar) kirxa daha əvvəl tikilmişdir. 1937-ci ildə Lüteran kilsəsinin keşişləri başqa dini icmaların nümayəndələri ilə birlikdə sürgün edilmiş, güllələnmişdilər. 1994-cü ildə lüteran icması Bakıda yenidən fəaliyyətə başlamışdır.