В Азербайджане христианство представлено православным, католическим и протестантским направлениями, а также различными сектантскими общинами. Кроме того, государственную регистрацию прошли 5 армяно-григорианских церквей.

В настоящее время православие представлено в республике русскими и грузинскими церквями. Русские православные церкви страны объединены в Бакинской Прикаспийской Епархии, учрежденной в 2000 году. 

В Азербайджане также действует 11 молоканских общин, придерживающихся старообрядчества, отделившегося от православия. Молокане не имеют церквей, а их догмы содержатся в специальных «обрядных книгах». Они отрицают церковную иерархию, имеющую особые полномочия.

Албано-удинская церковь. Регистрация албано-удинской христианской религиозной общины явилась знаменательным событием с религиозной и политической точек зрения, хотя формально она не отличается от регистрации других общин. На сегодня в мире насчитывается около 10.000 представителей удинского этноса, причем 6000 их них живут на территории Азербайджана. 4400 удинов компактно проживают в селении Нидж Габалинского района.

В IV веке до нашей эры удины, имея родственные связи с тюркскими племенами, жили в Карабахе и Прикаспийских землях, а затем приняли христианство и распространили эту религию в Кавказской Албании. Кишская церковь (Шекинский район, селение Киш) считается первой христианской церковью – «Матерью христианской церкви».

Российский император, поддавшись на хитрость армян, переселенных царской Россией в Карабах, подписал в 1836 году рескрипт, упразднивший Албанскую церковь: ее храмы, имущество и документы были переданы армянской апостольской церкви. В сложившейся ситуации удины должны были либо принять григорианство, либо превратиться в неверующих, беззащитных «дервишей». Однако они, проявляя более 160 лет исключительное геройство, остались верными своей религии, своим обычаям, традициям, языку и исторической родине, всегда старались ликвидировать историческую несправедливость, имевшую место в 1836 году. Давно доказанные теоретически факты истории материализовались с возрождением албано-удинской христианской общины. Таким образом, справедливость и права удинов хоть частично, но были восстановлены.

Католицизм. Католицизм в Азербайджане представлен римско-католической общиной в Баку.

После восстановления государственной независимости Азербайджанской Республикой возникли благоприятные условия для возрождения католицизма. В результате установления дипломатических отношений между Азербайджанской Республикой и Ватиканом
католическая община получает всестороннюю поддержку со стороны правительства.

Следует отметить, что впервые католическая община была зарегистрирована Государственным комитетом по работе с религиозными организациями Азербайджанской Республики 31 января 2002 года. Самое памятное событие в истории католиков нашей страны произошло в мае того же года. Так, Папа Римский Иоанн Павел II совершил официальный визит в Азербайджан по приглашению общенационального лидера Гейдара Алиева. Визит понтифика открыл новую страницу в судьбе католиков Азербайджана.

В феврале 2007 года в центре Баку была построена католическая церковь. 28 сентября 2008 года между Фондом Гейдара Алиева и Римско-католической религиозной общиной был подписан Меморандум о сотрудничестве.

Одним из примеров, свидетельствующих о высоких дипломатических отношениях между Азербайджаном и Ватиканом, является визит Папы Франциска в нашу страну 2 октября 2016 года.

Протестантизм. В настоящее время протестантизм в Азербайджане представлен различными течениями. В Азербайджане зарегистрированы следующие протестантские общины: религиозная община «Христианская Библия Новая Жизнь», Бакинская религиозная община Спаса евангельских лютеран, Христианская религиозная община «Слово Жизни», Сумгаитская христианская религиозная община «Слово Жизни-2», религиозная община бакинских евангельских христиан-баптистов «Агапе», «Адвентисты седьмого дня» Наримановского района города Баку, «Адвентисты седьмого дня города Гянджи» христианской религиозной общины, христианская религиозная община «Виноградник Азербайджан», а также христианская религиозная община Баку «Алов» ( Пламя).