Мечеть Таза Пир была вновь открыта 6 июля 2009 года после масштабных реконструкционных и расширительных работ. На церемонии открытия присутствовали Президент Ильхам Алиев, Первая леди Мехрибан Алиева и их дочь Лейла Алиева.

По распоряжению Президента Ильхама Алиева в 2005 году был подготовлен проект реставрации и реконструкции. Работы возглавляли А. Мамедов, Ф. Миралаев и Э. Микаилзаде, а исполняла их компания «Инам-АШ». Реставрация включала в себя раскопку основания мечети, замену поврежденных камней, обновление дверей и окон, а также установку современных систем вентиляции и напольного отопления.

Интерьер площадью 1400 квадратных метров демонстрирует уникальную азербайджанскую живопись и восточное искусство. Обновлены оконные конструкции купола и системы освещения. Михраб собран из керамики и мрамора, а окна купола обновлены решетчатыми деревянными конструкциями. Молельная зона для женщин отделена решеткой, установлена новая лестница. Пол покрыт ковром «Намазгах» вместимостью 720 человек. Главный зал теперь вмещает 52 настенных люстры, еще 5 — в женской молитвенной зоне.

Пол мечети был опущен на 30 сантиметров и установлена система подогрева пола. На территории комплекса имеется парковка на 50 автомобилей, современное здание электроснабжения, небольшие залы для церемоний, место для жертвоприношений и отдельные зоны для омовения. Установлен подземный резервуар для воды объемом 480 кубических метров, мощный генератор и дополнительный регулятор электросети. Территория вымощена гранит-мраморными плитами из Украины и Индии общей площадью 4500 квадратных метров. Фасады украшены решетками и архитектурными деталями, вырезанными из Гызылгайского камня.

Декоративные элементы мечети, вершины минаретов и надписи покрыты высококачественным золотом. Купол покрыт Гызылгайским камнем с высеченными аятами Корана.

Было построено пятиэтажное административное здание для Управления мусульман Кавказа, включающее библиотеку, конференц-залы и другие помещения. В здании площадью 4100 квадратных метров размещаются служебные помещения, небольшой конференц-зал и библиотека на 6000 книг. Библиотека отличается деревянным декором, 32 люстрами и мини-студией для религиозных передач.

На въездах со стороны улиц Мустафы Субхи и Мирзы Фатали Акхундова установлены новые декоративные портальные ворота. Перед мечетью построен трехфонтанный бассейн. Для предотвращения оползней возведена железобетонная конструкция, а слой грунта снят до 1 метра от уровня дороги. Улица Льва Толстого была реконструирована, включая земляные работы, реставрацию фасадов соседних зданий и тротуарную плитку. Для въезда крупногабаритного транспорта были установлены дополнительные металлические ворота.

В ходе работ также было построено новое учебное здание Бакинского исламского университета. На каждом этаже здания имеется 10 учебных классов вместимостью 250 студентов, а также кафетерий и библиотека. Для обслуживания всего комплекса мечети установлена современная система отопления и вентиляционная система «Чилер».