Мечеть Биби-Эйбат была изначально построена Ширваншахом Фаррухзадом II. Надпись на портале мечети указывает на то, что она была возведена в 1281-1282 годах архитектором Махмудом ибн Саидом по приказу Фаррухзада ибн Акстана II ибн Фарибурза III.

В 19 веке исследователь Б.Дорн задокументировал копии царских указов, связанных с мечетью, изданных сефевидскими правителями шахом Тахмаспом I, шахом Аббасом I и шахом Хусейном в разное время. Знаменитый французский писатель Александр Дюма, посетивший Баку в 1858 году, также был впечатлен мечетью и писал о ней в своих путевых заметках.

Святыня Биби-Эйбат подверглась репрессиям в первые советские годы и была полностью разрушена в 1934 году. 23 июля 1997 года, в день рождения Пророка Мухаммеда, общенациональный лидер Гейдар Алиев заложил фундамент нового комплекса мечети на этом месте. Год спустя, 12 июля 1998 года, также в день рождения Пророка, он присутствовал на церемонии открытия вновь построенной мечети.

По инициативе и под руководством Президента Ильхама Алиева продолжилось расширение и реконструкция комплекса мечети Биби-Эйбат. Ровно через десять лет после открытия главного здания, 12 июля 2008 года, была завершена масштабная реконструкция и ремонт, и мечеть была вновь открыта как единый комплекс.

Мечеть может вместить около трех тысяч молящихся одновременно. В ее архитектуре присутствует сложный орнаментальный рисунок на первом и втором этажах, центральном зале, потолке фойе и стенах подвала. Купол мечети богато украшен, на нем написаны аяты Корана смальтой и цветным стеклом.