La mezquita Bibi-Heybat fue construida originalmente por Shirvanshah Farrukhzad II. Una inscripción en el portal de la mezquita indica que fue construida en 1281–1282 por el arquitecto Mahmud ibn Said por orden de Farrukhzad ibn Aksitan II ibn Fariburz III.

En el siglo XIX, el investigador B.Dorn documentó copias de decretos reales relacionados con la mezquita emitidos por los gobernantes safávidas Shah Tahmasp I, Shah Abbas I y Shah Huseyn en diversas épocas. El célebre escritor francés Alexandre Dumas, que visitó Bakú en 1858, también quedó impresionado por la mezquita y escribió sobre ella en sus notas de viaje.

Bajo la iniciativa y el cuidado del Presidente Ilham Aliyev, prosiguió la ampliación y reconstrucción del complejo de la mezquita Bibi-Heybat. Exactamente diez años después de la inauguración del edificio principal, el 12 de julio de 2008, concluyeron la reconstrucción y renovación integrales, y la mezquita fue reabierta como complejo integrado.

La mezquita tiene capacidad para unos tres mil fieles a la vez. Su arquitectura presenta intrincados diseños ornamentales en los pisos primero y segundo, el vestíbulo central, el techo del vestíbulo y las paredes del sótano. La cúpula de la mezquita está elaboradamente decorada con versículos del Corán escritos en esmalte y materiales de vidrio de colores.