Центр был построен в 2003 году на территории кафедрального собора святых Жен-мироносиц в Баку по поручению Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева.  В четырехэтажном здании обустроены помещения для проведения конференций и семинаров, работы различных епархиальных отделов и воскресной школы.