В мае 2021 года Фонд Гейдара Алиева начал масштабные реставрационные работы в комплексе Шекинской ханской мечети, расположенном на территории Национального историко-архитектурного заповедника «Юхары Баш» города Шеки.

Проект, разработанный Университетом архитектуры и строительства по заказу Государственного агентства по туризму, был направлен на сохранение этого значимого исторического объекта. В июне 2021 года во время реставрации под михрабом были обнаружены крупные каменные плиты, что привело к временной остановке работ. Последующая археологическая экспедиция обнаружила могилу, содержащую 52 бусины и бронзовую головку четок, что указывало на высокий статус погребенного. Образцы скелетных останков были отправлены в Оксфордский университет для радиоуглеродного и генетического анализа при поддержке Фонда Гейдара Алиева. Дальнейшие исследования в Великобритании, Австрии, Эстонии и Турции, а также отчет Института археологии, этнографии и антропологии НАНА подтвердили, что могила принадлежала Шекинскому хану Мухаммед Хусейн Хану.

В течение 2021 года проводились обширные 3D-измерения всего комплекса мечети, включая главное здание, минарет, вспомогательные сооружения и кладбище. Реставрационные работы включали замену поврежденных погодой кирпичей, повторную облицовку территории обожженным кирпичом и создание изоляционного слоя для защиты кирпичей минарета. Были отреставрированы оригинальные окна и двери, использовавшиеся Мухаммед Хусейн Ханом, а два окна были реконструированы с использованием традиционной решетчатой ​​работы.Интерьер и внешние стены были отреставрированы на основании фотографий 1961 года.

Помимо отреставрированной мечети, при поддержке Фонда Гейдара Алиева в комплексе был создан музей, где представлены артефакты эпохи Шекинского ханства. В нем представлены медная посуда, национальная одежда, украшения, предметы домашнего обихода 18 века, шекинские ковры, ткацкие инструменты, исторические тексты, монеты и оружие 18-19 веков.

Одним из основных направлений музея является комната хана на втором этаже. В комнате представлено, как Шекинский хан Магомедхусейн Муштаг молился в здании, проводил литературные собрания, устраивал различные приемы и играл в шахматы. В этой комнате выставлен уд — музыкальный инструмент, использовавшийся на литературных собраниях, проводимых Шекинским ханом Магомедхусейном Муштагом, копия трона Шекинского хана Магомедхусейна, созданная по изображениям из исторических источников в 2014-2015 годах, и одежда, которую носил хан, на основании миниатюрных изображений во Дворце Шекинских ханов. Комната хана также украшена шахматной доской хана Магомедхусейна, поражавшего всех своей игрой, и Священным Кораном, который он постоянно читал. В комнате также выставлены флаг Шекинского ханства, использовавшийся в 18 веке, и боевое знамя Шекинского хана Салима Хана. В комнате хана также находится письменный стол хана Магомедхусейна, писавшего стихи под псевдонимом «Муштаг» и переписывавшегося с известными поэтами того времени.

2 декабря 2022 года Президент Ильхам Алиев, Первая леди Мехрибан Алиева и их дочь Лейла Алиева посетили комплекс Шекинской ханской мечети для осмотра завершенных реставрационных работ.