En mayo de 2021, la Fundación Heydar Aliyev comenzó las obras de restauración integral del complejo de la mezquita de Sheki Khan, situada dentro de la Reserva Histórico-Arquitectónica Nacional “Yukhari Bash” de Sheki.

El proyecto, diseñado por la Universidad de Arquitectura y Construcción a petición de la Agencia Estatal de Turismo, tenía como objetivo preservar este importante lugar histórico. En junio de 2021, durante la restauración, se descubrieron grandes losas de piedra bajo el mihrab, lo que provocó la interrupción temporal de los trabajos de restauración. Posteriormente, una expedición arqueológica descubrió una tumba que contenía 52 cuentas y una cabeza de rosario de bronce, lo que indicaba el alto estatus del individuo enterrado. Se enviaron muestras de los restos óseos a la Universidad de Oxford para realizar análisis radiocarbónicos y genéticos, con el apoyo de la Fundación Heydar Aliyev. Otras investigaciones realizadas en el Reino Unido, Austria, Estonia y Turquía, así como el informe del Instituto de Arqueología, Etnografía y Antropología de la ANAS, confirmaron que la tumba pertenecía a Sheki Khan Muhammad Huseyn Khan.

A lo largo de 2021 se realizaron amplias mediciones en 3D del complejo de la mezquita, incluidos el edificio principal, el minarete, las estructuras auxiliares y el cementerio. Los trabajos de restauración incluyeron la sustitución de ladrillos dañados por la intemperie, la repavimentación de la zona con ladrillos cocidos y la creación de una capa aislante para proteger los ladrillos del minarete. Se restauraron las ventanas y puertas originales, utilizadas por Muhammad Huseyn Khan, y se reconstruyeron dos ventanas con celosías tradicionales. Los muros interiores y exteriores se restauraron basándose en fotografías de 1961.

Además de la mezquita restaurada, con el apoyo de la Fundación Heydar Aliyev, se creó un museo dentro del complejo, en el que se exponen artefactos de la época del kanato de Sheki. En él se exponen utensilios de cobre, indumentaria nacional, joyas, enseres domésticos del siglo XVIII, alfombras sheki, herramientas para tejer, textos históricos, monedas y armas de los siglos XVIII y XIX.

Una de las zonas principales del museo es la sala de Khan, en la segunda planta. La sala muestra cómo rezaba Shaki Khan Mahammadhuseyn Mushtagh en el edificio, organizaba tertulias literarias, ofrecía diversas recepciones y jugaba al ajedrez. En esta sala se exponen el oud, instrumento musical utilizado en las tertulias literarias organizadas por Shaki Khan Mahammadhuseyn Mushtagh, la réplica del trono de Shaki Khan Mahammadhuseyn diseñada a partir de imágenes de fuentes históricas en 2014–2015, y la ropa que vestía el Khan basada en las imágenes en miniatura del Palacio de Shaki Khan. La habitación del Khan también está decorada con un tablero de ajedrez del Khan Mahammadhuseyn, que impresionó a todos con sus habilidades de juego, y el Sagrado Corán, que leía constantemente. La bandera del kanato de Shaki, utilizada en el siglo XVIII, y la bandera de batalla del kan de Shaki Salim Khan también están expuestas en la habitación. En la sala del Khan también hay un escritorio del Khan Mahammadhuseyn, que escribía poemas bajo el seudónimo de “Mushtagh” y mantenía correspondencia con famosos poetas de la época.

El 2 de diciembre de 2022, el presidente Ilham Aliyev, la primera dama Mehriban Aliyeva y su hija Leyla Aliyeva visitaron el complejo de la mezquita de Sheki Khan para inspeccionar las obras de restauración finalizadas.