Мечеть Кочарли была одной из 17 мечетей, которые действовали в городе Шуша в XIX веке. Город Шуша состоял из 17 махалле (квартал / район / квартал), которые были разделены на верхнюю и нижнюю махалле. Мечеть Кочарли была построена в XIX веке и распологалась на улице 20 Января, махалле Кочарли, входившей в состав нижних махаллей города Шуша как исторические и религиозные памятники дворцового комплекса Бахман Мирза.

Мечеть Кочарли вместе с другими известными мечетями и историческими памятниками города Шуша считалась одним из ценнейших исторических и религиозных памятников Шушинского государственного историко-архитектурного заповедника. Мечеть была разграблена, разрушена и сожжена армянскими вандалами после оккупации Шуши вооруженными силами Армении в мае 1992 года.