Bibiheybət məscidini Şirvanşah II Fərruxzad inşa etdirmişdir. Məscidin portalındakı kitabədə onun miladi tarixlə 1281–1282-ci illərdə Fərruxzad ibn II Axsitan ibn III Fərzburzun əmri ilə memar Mahmud ibn Səidin tikdiyi yazılmışdır.

XIX əsrdə məscidi ziyarət etmiş tədqiqatçı B.Dorn Səfəvi şahlarından I Şah Təhmasib, I Şah Abbas və Şah Hüseynin müxtəlif tarixlərdə ziyarətgahla bağlı verilmiş fərmalarının surətini çıxarmışdır. Hətta 1858-ci ildə Bakıda olmuş məşhur fransız yazıçısı Aleksandr Düma da ziyarətgahdan təsirlənmiş və bu barədə qeydlərində yazmışdır.

Bibiheybət ziyarətgahı sovet hakimiyyətinin ilk illərində repressiyaya məruz qalmış, 1934-cü ildə tamamilə dağıdılmışdır. Ulu Öndər Heydər Əliyev 1997-ci il iyulun 23-də – Məhəmməd Peyğəmbərin (s.ə.s.) mövludu günündə burada yeni məscid kompleksinin bünövrəsini qoymuşdur. Bir il sonra, 1998-ci il iyul ayının 12-i yenə də Peyğəmbərin mövludu günündə məscidin açılış mərasimində iştirak etmişdir.

Prezident İlham Əliyevin təşəbbüsü, eləcə də diqqət və qayğısı sayəsində Bibiheybət məscid-ziyarətgah kompleksinin genişləndirilməsi və yenidən qurulması işi davam etdirilmişdir. Ziyarətgahın əsas korpusunun açılışından düz on il sonra – 2008-ci il iyul ayının 12-də əsaslı yenidənqurma və təmir işləri tam olaraq yekunlaşdığı vaxt məscidin bütöv bir kompleks olaraq açılış mərasimi olmuşdur.

Məsciddə eyni vaxtda təxminən üç min nəfərin ibadət etməsi mümkündür. Onun birinci və ikinci mərtəbələrində, mərkəzi salonda, foyenin tavanında, zirzəminin divarlarında zərif memarlıq ornamentləri öz əksini tapmışdır. Məscidin günbəzi də mükəmməl şəkildə işlənmişdir. Burada smaltadan, rəngbərəng şüşə materiallarından istifadə edilərək Qurani-Kərimdən surələr yazılmışdır.