Müqəddəs Mürdaşıyan Zənənlər Kafedralı 1909-cu ildə memar M.F.Verjbitskinin layihəsi əsasında rus stilində inşa edilmişdir. Kilsə məşhur Azərbaycan milyonçusu və xeyriyyəçisi Hacı Zeynalabdin Tağıyevin şəxsi maddi yardımı və ianələr hesabına tikilmişdir. Kilsənin açılışında o dövrün görkəmli siyasi və din xadimləri, o cümlədən rus çarının Qafqazdakı canişini qraf Vorontsov-Daşkov iştirak etmişlər.

İlk zamanlar məbəd 262-ci Salyan piyada ehtiyat alayının tabeliyində idi. 1920-ci ildə sovet hakimiyyəti dövründə kilsə ilk bağlanan ibadət yerlərindən biri olmuş, onun baş keşişi isə güllələnmişdir. Məbəd kommunist rejimi vaxtı anbara çevrilmiş, bir müddət sonra isə idman zalı kimi istifadə olunmağa başlanmışdır. 1990-cı ildə Qanlı Yanvar hadisələri zamanı kilsənin dam örtüyünə iki mərmi düşmüşdür.

Məbədin yarıdağılmış binası 1991-ci ildə Rus Pravoslav Kilsəsinin sərəncamına verilmiş və kilsədə bərpa işlərinin aparılmasına imkan yaranmışdır.

Moskvanın və bütün Rusiyanın patriarxı II Aleksi Azərbaycana səfəri zamanı 27 may 2001-ci il tarixdə bu məbədi müqəddəs elan etmiş və ona baş kafedral kilsə statusu vermişdir. Açılış mərasimində Ulu Öndər Heydər Əliyev, hökumət üzvləri, səfirliklərin nümayəndələri və dini icmaların başçıları iştirak etmişlər.