La Catedral de los Portadores de la Santa Mirra fue construida en 1909 en estilo ruso según un diseño del arquitecto M.F.Verzhbitsky. La iglesia se construyó con el apoyo financiero y las donaciones del famoso filántropo azerbaiyano Haji Zeynalabdin Taghiyev. A la ceremonia de inauguración asistieron notables personalidades políticas y religiosas de la época, entre ellas el virrey del zar ruso en el Cáucaso, el conde Vorontsov-Dashkov.

Inicialmente, la iglesia sirvió al 262º Regimiento de Infantería de Reserva de Salyan. En 1920, durante el régimen soviético, la iglesia fue uno de los primeros lugares religiosos en ser clausurados, y su sacerdote principal fue ejecutado. El edificio fue reconvertido en almacén y más tarde se utilizó como pabellón deportivo. Durante la tragedia de enero de 1990, dos proyectiles alcanzaron el tejado de la iglesia, causando importantes daños a la estructura.

En 1991, el ruinoso edificio fue entregado a la Iglesia Ortodoxa Rusa y se permitió que comenzaran los trabajos de restauración.

El 27 de mayo de 2001, durante su visita a Azerbaiyán, el Patriarca Alexy II de Moscú y toda Rusia consagró la iglesia y le concedió el estatus de catedral. A la ceremonia de reapertura asistieron el líder nacional Heydar Aliyev, funcionarios del gobierno, representantes de embajadas y jefes de comunidades religiosas.