XIX əsrin memarlıq abidəsi olan Saatlı məscidi 1883-cü ildə memar Kərbəlayi Səfixan Qarabağinin layihəsi əsasında inşa olunub. Məscidin inşa edildiyi yerdə əvvəllər Molla Pənah Vaqifin dərs keçdiyi bir-birinə bitişik mədrəsə və məscid binaları yerləşib.

Şuşa şəhəri işğal altında olduğu müddətdə digər məscidlər kimi Saatlı məscidi də ermənilər tərəfindən dağıdılmışdı. 2021-ci ilin dekabrından məsciddə Heydər Əliyev Fondu tərəfindən bərpa işlərinə başlanılıb. “PAŞA Holding”in maliyyə dəstəyi ilə həyata keçirilən konservasiya və restavrasiya işləri Azərbaycan, İtaliya və Türkiyə şirkətlərinin konsorsiumu tərəfindən Avstriyanın “Wehdorn Architekten” şirkətinin nəzarəti ilə məscidin ilkin memarlıq üslubuna uyğun olaraq aparılıb.

İşğal zamanı məscidə edilən müdaxilələr aradan qaldırılıb və divarların gücləndirilməsi işləri görülüb. Həmçinin zədələnmiş ön sütunun gücləndirilməsi işləri həyata keçirilib, məscidin döşəməsi bərpa edilib. Aparılan analizlər nəticəsində minarənin üzərindəki naxışların ilkin rəngi müəyyən olunub və minarə ona uyğun bərpa edilib, ornamentlər bütün incəliklərinə qədər qorunub saxlanılıb.

2023-cü ilin mayın 10-da Prezident İlham Əliyev, birinci xanım Mehriban Əliyeva və ailə üzvləri Şuşada Heydər Əliyev Fondu tərəfindən aparılan bərpa işlərindən sonra Saatlı məscidinin açılışında iştirak ediblər.