La iglesia se construyó en 1723 en el pueblo de Nij, en el distrito de Gabala, con el apoyo de la población local. La iglesia tomó su nombre del barrio de Chotari en Nij. Durante el periodo soviético, la iglesia se utilizaba para almacenar avellanas. En 2003 se iniciaron importantes obras de restauración por iniciativa del presidente azerbaiyano Heydar Aliyev y con su apoyo. La iglesia volvió a abrirse al culto en 2006.