La mezquita del Imán Rza fue reconstruida por iniciativa de la Fundación Heydar Aliyev. Iniciadas en septiembre de 2012, las obras de reconstrucción de la mezquita finalizaron en mayo de 2013. El 6 de junio de 2013, la presidenta de la Fundación Heydar Aliyev, Mehriban Aliyeva, asistió a la inauguración de la mezquita.

La superficie total del complejo compuesto por la mezquita, el minarete y las salas de servicio es de 1.800 metros cuadrados. Las cúpulas de la mezquita y el minarete de 21 metros han sido totalmente demolidos y construidos de nuevo. Se han sustituido puertas y ventanas por otras nuevas y se han realizado trabajos de decoración en las paredes y los techos. Se han sustituido puertas y ventanas y se han realizado trabajos de decoración en las paredes y los techos. Se ha instalado un suelo con calefacción y se ha renovado el cableado eléctrico, el sistema de calefacción y las tuberías de agua fría y caliente. La cocina y la zona auxiliar se han dotado del equipamiento necesario.

Las fachadas de los edificios incluidos en el complejo se han cubierto con placas de piedra. Se han realizado obras de mejora en el patio de la mezquita y se ha plantado vegetación.

La valla de la mezquita se ha derribado por completo y se ha construido de nuevo; la puerta y las rejas metálicas se han sustituido por otras nuevas. En la mezquita pueden rezar 230 personas a la vez. Se ha destinado una sala especial en el segundo piso para el rezo de las mujeres.